Covid-19: le sous-variant BA.2 est présent au Maroc depuis l’apparition d’Omicron (Directeur plateforme génomique)

Contrairement à ce qu’on peut lire aujourd’hui dans certains médias, le sous-variant BA.2 d’Omicron ne vient pas d’être détecté au Maroc. Il existe depuis les premiers cas annoncés en décembre dernier et reste à l’heure actuelle très minoritaire dans le royaume, explique Pr Mustapha El Fahim, directeur de la plateforme génomique fonctionnelle au Centre National pour la Recherche Scientifique et Technique (CNRST). 

« Le sous-variant BA.2 ne vient pas d’arriver au Maroc, il est là depuis le début de l’apparition d’Omicron (détecté sur le territoire pour la première fois le 15 décembre 2021, ndlr). Parmi les cinq premiers cas Omicron qu’on a séquencés, il y avait trois BA.1 (Omicron originel) et deux BA.2. Ce n’est donc pas quelque chose de nouveau », explique Pr Mustapha El Fahim, directeur de la plateforme génomique fonctionnelle au Centre National pour la Recherche Scientifique et Technique (CNRST).

Dans son dernier bulletin épidémiologique hebdomadaire, l’OMS note que le variant Omicron, qui représente plus de 93% de tous les spécimens de coronavirus collectés au cours du mois écoulé, compte plusieurs sous-variants: BA.1, BA.1.1, BA.2 et BA.3.

«Des séquences désignées BA.2 ont été soumises au GISAID (base de données génomiques internationale, ndlr) par 57 pays à ce jour», a souligné l’OMS, relevant que ce sous-variant représentait désormais plus de la moitié des séquences Omicron recueillies au cours des six dernières semaines dans plusieurs pays dont le Danemark, le Népal, le Qatar, l’Inde ou encore les Philippines.

L’agence sanitaire mondiale de l’ONU signale que le sous-variant BA.2 se répand et semble encore plus contagieuse que la souche originale sans toutefois être plus dangereuse. Un constat corroboré par une étude danoise non encore validée par les pairs qui rapporte que dans la société en général, BA.2 est 30 % plus contagieux que BA.1.

Par ailleurs, selon cette étude, Omicron BA.2 touche davantage les personnes vaccinées (trois doses) que BA.1, ce qui signifie un échappement immunitaire vaccinal plus important avec BA.2 qu’avec BA.1. Toutefois, une fois infectées avec BA.2, les personnes vaccinées transmettent moins le virus qu’avec BA.1. Le pouvoir contaminateur est plus faible.

Seulement 2 % de BA.2 au Maroc

Malgré ce constat, le sous-variant BA.2 reste extrêmement minoritaire au Maroc puisque selon les résultats de séquençage partagés par Pr El Fahim, son taux avoisinerait les 2 %, contre 98 % de BA.1, soit l’Omicron initial, et de très très rares Delta. Si BA.2 est plus contagieux et se propage plus vite que BA.1 comme on a pu l’observer dans certains pays, particulièrement au Danemark, pourquoi le Maroc échappe à la règle?

« Si BA.2 est beaucoup plus contagieux et se transmet plus rapidement, il aurait du prendre le dessus aussi chez nous. Il y a ce qu’on appelle un effet fondateur dans la génétique, c’est-à-dire que le variant qui trouve l’opportunité pour proliférer très rapidement le fait, et au Maroc, il s’agit du BA.1. En d’autres termes, l’un des deux sous-variants a trouvé un terrain propice à son développement et l’autre non. Cela dépend de la population », répond Pr El Fahim.

« Un sous-variant n’a pas la même transmissibilité d’un pays à l’autre car nous n’avons pas les mêmes hôtes, c’est-à-dire êtres humains. On prend en compte la génétique des populations, la prédisposition, donc dans ce cas, il se peut que le patrimoine génétique des Danois soit particulier », poursuit le spécialiste qui ne pense pas que BA.2 prendra le dessus au Maroc, même avec la réouverture de l’espace aérien prévue lundi.

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Ainsi, selon lui, l’étude danoise n’est pas à prendre en compte pour analyser l’évolution du sous-variant BA.2 au Maroc. « Il y a pas mal de marqueurs génétiques qui peuvent intervenir dans la transmissibilité; on peut avoir un même variant chez deux personnes qui va donner un tableau clinique différent, à part des comorbidités éventuelles », déclare-t-il.

Le taux de 98 % de BA.2 a été obtenu sur la base du criblage par PCR (spécifiques aux variants) par la majorité des laboratoire, puis le centre de veille génomique reçoit environ 10 % de ces tests pour les passer au séquençage et confirmer les tendances. « Sur les 200 séquences qu’on a analysées, il y avait une concordance Omicron de 100 % », précise l’expert.

De son côté, Dr Tayeb Hamdi estime que l’évolution naturelle du sous-variant BA.2 serait de prendre le dessus sur BA.1, au regard des constatations mondiales et du résultat de l’étude danoise précitée. « Quand un variant est beaucoup plus transmissible, il devient majoritaire; jusqu’à présent nous n’avons jamais eu d’exception à cette règle et le Maroc ne fera pas exception, ni les pays où BA.2 a été détecté », explique le médecin généraliste et chercheur en politiques de santé.

Selon lui, il faut effectuer plus de criblages adaptés, prendre plus de recul pour voir l’évolution réelle de ce sous-variant qui « même s’il devient majoritaire, ne métamorphosera pas le paysage pandémique au Maroc ».

« On aura peut-être plus de cas, notamment si la vaccination n’est pas terminée, le pic sera un peu plus haut dans le temps mais cela ne va constituer ni une menace pour le système de santé, ni changer le visage de la pandémie. Il faut toutefois rester vigilant », abonde-t-il.

Côté symptômes, BA.1 et BA.2 ne présentent pas de différences notables; maux de têtes, myalgie, toux sèche… Le profil clinique reste identique avec des infections moyennes à bénignes.