« Deltacron », nouveau variant ou erreur de laboratoire?

Une souche de covid-19 combinant les variants delta et omicron a été trouvée à Chypre, selon Leondios Kostrikis, professeur de sciences biologiques et chef du Laboratoire de biotechnologie et de virologie moléculaire à l’université de Chypre. Une découverte qui laisse sceptiques ses confrères à l’international. 

Un scientifique chypriote a annoncé ce weekend avoir découvert une souche de covid-19 combinant delta et omicron, rapporte la presse chypriote. Une information reprise par l’agence Bloomberg.

« Il existe actuellement des co-infections omicron et delta et nous avons trouvé cette souche qui est une combinaison des deux », a déclaré Leondios Kostrikis dans une interview avec Sigma TV vendredi. La découverte a été nommée « deltacron » en raison de l’identification de signatures génétiques de type omicron dans les génomes delta, a déclaré le professeur de sciences biologiques et chef du Laboratoire de biotechnologie et de virologie moléculaire à l’Université de Chypre.

Kostrikis et son équipe ont identifié 25 de ces cas et l’analyse statistique montre que la fréquence relative de l’infection combinée est plus élevée chez les 11 patients hospitalisés en raison de covid-19 par rapport aux patients non hospitalisés. Les séquences des 25 cas deltacron ont été envoyées le 7 janvier à GISAID, la base de données internationale qui suit les changements dans le virus.

« Nous verrons à l’avenir si cette souche est plus pathologique ou plus contagieuse ou si elle l’emportera » sur delta et omicron, a-t-il déclaré. Mais son point de vue personnel est que cette souche sera également déplacée par la variante très contagieuse de l’omicron.

Certains scientifiques ont émis des doutes quant à la découverte de ce nouveau variant et privilégient plutôt la piste d’une erreur de manipulation des séquençages en laboratoire. Les séquences génétiques « ont l’air d’être assez clairement le résultat d’une contamination » entre plusieurs échantillons, c’est-à-dire d’une erreur de manipulation, a réagi samedi le virologue Tom Peacock, de l’Imperial College de Londres, dans un tweet repris par d’autres scientifiques.

Small update: the Cypriot ‘Deltacron’ sequences reported by several large media outlets look to be quite clearly contamination – they do not cluster on a phylogenetic tree and have a whole Artic primer sequencing amplicon of Omicron in an otherwise Delta backbone.

— Tom Peacock (@PeacockFlu) January 8, 2022